Поскольку воздух Пандоры токсичен, была создана программа «Аватар», в которой сознание людей подключается к аватару, биологическому телу с дистанционным управлением, помогающее находиться в этой губительной атмосфере. Аватары — созданные при помощи генной инженерии гибриды, полученные комбинированием человеческой ДНК и ДНК коренных жителей планеты Пандоры, На`ви.

Получив второе рождение в виде аватара, Джейк снова может ходить. Его миссия — уничтожить На`ви, которые стали основным препятствием для добычи ценной руды. Но прекрасная аборигенка Нейтири спасает Джейку жизнь, и после этого все меняется. Джейка принимают в ее клан, и он учится быть одним из них, что включает в себя выполнение множества задач и прохождение многочисленных испытаний.

По мере того, как отношения Джейка с его вынужденной наставницей Нейтири становятся более близкими, он учится уважать мир На`ви и в итоге находит в нем свое место. Вскоре его ждет последнее испытание, когда он поведет местную расу на битву, в которой будет решаться не больше и не меньше, чем судьба целого мира.